Sau các cuộc phản kháng chống lại chính quyền Cộng sản, Bộ Chính trị SED đã bỏ phiếu để loại bỏ Honecker vào ngày 18 tháng 10 năm 1989, và Krenz được bầu làm Tổng Bí thư mới của Uỷ ban Trung ương SED. Krenz đã được thông báo vài tháng trước đó về việc lật đổ Honecker, nhưng lưỡng lự, không muốn chống lại một người mà ông gọi là "cha nuôi của tôi và giáo viên chính trị". Lúc đầu anh ta đã sẵn sàng chờ đợi cho đến khi Honecker bị ốm nặng, nhưng đến tháng 10 đã bị thuyết phục rằng tình hình quá nghiêm trọng để chờ đợi những gì anh ta gọi là "một giải pháp sinh học".[5]

Mặc dù có nhiều cuộc biểu tình, Phòng Nhân dân đã bầu Krenz cho cả hai vị trí chính của Honecker - Chủ tịch Hội đồng Nhà nước (một vị trí tương đương với tổng thống) và Chủ tịch Hội đồng Quốc phòng. Chỉ có lần thứ hai trong lịch sử 40 năm của Phòng Nhân dân, cuộc bỏ phiếu không nhất trí (lần đầu tiên là về luật phá thai); 26 đại biểu bỏ phiếu chống lại và 26 người bỏ phiếu trắng.

Trong bài diễn văn đầu tiên của ông với tư cách lãnh đạo, Krenz đã hứa với cải cách dân chủ, nhưng ít người Đông Đức tin ông ta. Ví dụ, họ vẫn nhớ rằng sau cuộc tàn sát ở Quảng trường Thiên An Môn, ông đã đến Trung Quốc để cảm ơn Đặng Tiểu Bình thay mặt cho chế độ. Vì lý do này và các lý do khác, Krenz gần như ghê tởm như Honecker; một câu đùa phổ biến cho thấy sự khác biệt duy nhất giữa họ là Krenz vẫn còn bị bàng mật. Thật vậy, gần như ngay khi ông nắm quyền, hàng ngàn người Đông Đức đã xuống đường để yêu cầu ông từ chức..

Cũng trong cùng ngày ông nhậm chức, Krenz nhận được một báo cáo bí mật hàng đầu từ kế hoạch giám đốc Gerhard Schürer cho thấy chiều sâu của cuộc khủng hoảng kinh tế của Đông Đức. Nó cho thấy rằng Đông Đức đã không có đủ tiền để thanh toán các khoản vay nước ngoài khổng lồ làm cơ sở cho nền kinh tế, và bây giờ DM1300000000 nợ. Mặc dù Krenz là người đứng thứ hai trong chính quyền, Honecker đã giữ bí mật nhà nước thực sự của nền kinh tế. Krenz buộc phải gửi Alexander Schalck-Golodkowski đến Tây Đức để xin một khoản vay ngắn hạn để thực hiện các khoản thanh toán lãi. Tuy nhiên, Tây Đức đã không muốn thậm chí cân nhắc đến các cuộc đàm phán cho đến khi SED từ bỏ quyền lực và cho phép bầu cử tự do - điều mà Krenz không muốn thừa nhận.

Đây không phải là bằng chứng duy nhất cho thấy Krenz không có ý định thực sự mở ra chế độ. Trong khi thảo luận công khai những cải cách như nới lỏng các biện pháp hạn chế đi lại, ông cũng đã ra lệnh cho việc bác bỏ đề xuất của Nhóm Diễn đàn Mới để trở thành một tổ chức được chấp thuận. Trước cuộc biểu tình Alexanderplatz lớn ngày 4 tháng 11, ông ra lệnh cho Stasi ngăn cản bất cứ nỗ lực trái phép nào vượt qua biên giới bằng "bạo lực thân xác".[6]

Vào ngày 7 tháng 11, Krenz chấp thuận sự từ chức của Thủ tướng Willi Stoph và toàn bộ nội các của ông cùng với 2/3 Bộ Chính trị. Tuy nhiên, Uỷ ban Trung ương thống nhất tái cử Krenz với chức vụ Tổng Thư ký. Trong một bài phát biểu, Krenz đã cố gắng tính toán với lịch sử, cũng đã chỉ trích người hướng dẫn chính trị Honecker của mình. Tuy nhiên, trong giai đoạn này, các sự kiện nhanh chóng biến mất khỏi sự kiểm soát của ông ta. 

Bất chấp những lời hứa cải cách, sự phản đối của công chúng đối với chế độ vẫn tiếp tục phát triển. Trong nỗ lực ngăn chặn thủy triều, Krenz đã cho phép mở lại biên giới với Tiệp Khắc, đã được niêm phong để ngăn không cho người Đông Đức trốn sang Tây Đức. Bộ Chính trị vừa được thành lập đồng ý thông qua các quy định mới cho các chuyến đi sang phương Tây bằng nghị quyết của Hội đồng Bộ trưởng.